Фонд Наукової бібліотеки нараховує близько 4 млн. примірників. Це – унікальні зібрання джерел інформації, що включають: книги, брошури, періодичні видання, видання на електронних носіях тощо. Одна з особливостей бібліотеки – наявність в ній 17 іменних книжкових колекцій – колишніх особистих бібліотек, які належали видатним вченим, державним діячам, професорам університетів. Особливу цінність має відділ періодики, який налічує майже 60% всього фонду бібліотеки, з них близько 300 тис. – періодичні видання XVII–XIX ст. Сьогодні Наукова бібліотека має цінну колекцію наукових і суспільно-політичних журналів провідних європейських держав. Деякі з них представлені цілими комплектами за багато років, а іноді навіть століть. Завдяки науковості та універсальності своїх фондів НБ ОНУ імені І. І. Мечникова на сьогодні є одним із найважливіших соціальних інститутів